Übernahme der Präsidentschaft des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz am 1. Januar 2000. Ende der Präsidentschaft Mitte 2012. Der Präsident  spielt eine Schlüsselrolle in der Strategie der Organisation und hat insbesondere die oberste Verantwortung für die Führung der Aussenbeziehungen, die Verhandlungen auf Regierungsebene  einschliesst. Das IKRK hat seine Tätigkeiten und seinen Einsatzraum zwischen 2000 und 2012 erweitert. Das kommt auch in der personellen und finanziellen Entwicklung der Organisation zum Ausdruck. Geprägt war seine Tätigkeit vor allem durch die Grosseinsätze des IKRK in Afghanistan nach dem 11.9.2001, im Irak nach dem 20.3.2003, im Sudan nach Ausbruch des Bürgerkrieges im Darfur im Frühjahr 2003, in Israel, den palästinensischen Gebieten und dem Libanon, Pakistan und zuletzt Syrien. Die Gestaltung der Beziehungen zu den USA nach dem 11.9.2001 spielte während Jahren eine zentrale Rolle. Diese Schwerpunkte bestimmten auch Kellenberger’s  Verhandlungstätigkeit und die Besuche auf dem Feld.  Terrainbesuche in heiklen Konfliktsituationen waren ihm besonders wichtig. Eine entscheidende Rolle spielte Jakob Kellenberger auf dem Weg, der zur Anerkennung der israelischen Hilfsgesellschaft Magen David Adom, zusammen mit dem palästinensischen Roten Halbmond, durch das IKRK führte.

Zu den wichtigen Entwicklungen im Bereich des humanitären Völkerrechts seit 2000 gehören die Ausdehnung des Anwendungsbereichs der Konvention über gewisse konventionelle Waffen auf nicht-internationale Konflikte (2001), die Verabschiedung des dritten Zusatzprotolls zu den Genfer Konventionen (2005) und die Aushandlung und Annahme des Uebereinkommens über das Verbot von Streumunition. Das IKRK erhielt 2011 auch den Auftrag, Vorschläge über die Weiterentwicklung des humanitären Völkerrechts auf zwei Gebieten auszuarbeiten: Freiheitsentzug im Zusammenhang mit bewaffneten Konflikten, vor allem nicht-internationalen, und Massnahmen, die eine bessere Beachtung des Rechts fördern sollten. Die Staaten konnten sich jedoch auf keine Lösung einigen.